過去の忍者大戦から月は流れ、平和に暮らす忍者とそのパートナーたち。
ある日、突然CNPたちの影から、うごめくものが…。
驚き、おののくCNPたちを尻目に、Villainsたちが突如影から出現。
慌てて臨戦態勢に入るCNPたち。
Villainsとはいったい何者なのか?
今は平和な世界でも忍者大戦では、凄惨な戦いも経験してきた。
CNPたちにも心の傷や哀しみ、別れもあったはず。
そう、それは私たち人間と同じ。
理想と現実のはざま。
過去を振り返ると、後悔。
未来を憂うと、不安。
傷ついた過去、そして憎しみや痛み・・。